ImageJ – un programari per analitzar i processar els arxius d’imatge. El programari és capaç d’analitzar de forma eficaç la imatge i rebre les dades tècniques detallades. ImageJ és compatible amb la majoria dels formats d’imatge i té un conjunt d’eines d’edició. El programari permet produir les diverses transformacions geomètriques, crear els histogrames de densitat, dur a terme la visualització en 3D, dugui a terme les operacions lògiques i aritmètiques entre imatges, etc. ImageJ és capaç de treballar simultàniament amb diverses imatges, aplicar els diferents filtres i dur a terme el processament per lots de arxius. ImageJ conté molts plagins que s’estenen en gran mesura les capacitats del programari.